羽越線を走る貨物トレイン
ＪＲ貨物において、貨物扱いで輸送される旅客や貨物用車両を甲種輸送と呼んでおり、羽越本線においては、ＪＲ北海道やＪＲ東日本、由利高原鉄道等に輸送されている。また２０１３年には、秋田新幹線のＥ６系スーパーこまち編成が数多く輸送された。（新幹線輸送に対しては、標準軌のため、そのまま走行が出来ないため、台車で輸送している）
震災復興支援機へ 
ＪＲ北海道７３５系電車甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
由利高原鉄道ＹＲ−３００２気動車甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
ＪＲ北海道７３５系電車甲種輸送
ＪＲ北海道キハ２８３系気動車甲種輸送
ＪＲ東日本リゾートしらかみＨＢ−３００系気動車甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
ＪＲ東日本キハ５２系気動車海外譲渡甲種輸送
ＪＲ北海道７３５系電車甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
秋田新幹線Ｅ６系スーパーこまち甲種輸送
